Avec le déclin des Hohenstaufen et l'interrègne qui s'ensuit jusqu'au règne de Rodolphe Ier, le pouvoir central s'affaiblit101, tandis que le pouvoir des princes-électeurs s'accroît. L'expansion française à l'ouest de l'Empire a pour conséquence une baisse totale d'influence sur l'ancien royaume de Bourgogne102. Cette perte d'influence concerne également l'Italie impériale (principalement en Lombardie et en Toscane). Ce n'est qu'avec la campagne italienne d'Henri VII entre 1310 et 1313 qu'est ravivée la politique italienne de l'Empire. Après Frédéric II, Henri est le premier roi des Romains à pouvoir obtenir la couronne impériale. La politique italienne des souverains de la fin du Moyen Âge est toutefois mise en place dans des frontières réduites par rapport à celles de leurs prédécesseurs102. L'influence de l'Empire diminue également en Suisse. Rodolphe Ier essaie de rétablir l'autorité des Habsbourg sur cette dernière alors que l'empereur Frédéric II lui avait octroyé une immédiateté impériale en 1240103. Rodolphe Ier échoue. À sa mort, les notables d'Uri, de Schwytz et de Nidwald se réunissent et signent un pacte d'alliance et de défense en août 1291104. C'est ainsi que naît la Confédération des III cantons, première étape vers la Confédération suisse qui va devenir indépendante du Saint-Empire en 1499 avec le traité de Bâle.
Première page de la Bulle d'or
Le transfert de la papauté à Avignon en 1309, lui permet de se soustraire des influences italiennes et de bénéficier de la protection des royaumes de Naples et de France contre la menace d'une intervention militaire impériale, ce qui relance les volontés théocratiques du Saint-Siège. Le vieux conflit entre papauté et empire pour la prééminence sur la chrétienté se réanime sous le règne de Louis IV105. À la mort de l'empereur Henri VII en 1313, les princes s'étant divisés en deux factions, le pape Jean XXII, entreprenant et autoritaire, croit pouvoir en profiter : il refuse de choisir entre les deux élus. Il déclare l'Empire vacant et nomme le roi de Naples Robert le Sage vicaire pour l'Italie le 14 mars 1314106. Ce conflit soulève une question de principe : le pape prétend être le vicaire de l'empire en Italie pendant la vacance du trône impérial. Or, à ses yeux le trône est vacant puisque la désignation de Louis de Bavière n'a pas obtenu l'approbation pontificale. Des débats politico-théoriques sont engagés, par exemple par Guillaume d'Ockham ou Marsile de Padoue. En 1338, Louis IV voyant les négociations s'éterniser et sentant que la papauté devenait impopulaire dans le pays, change de ton et lance le 17 mai, le manifeste Fidem catholicam. Il y proclame que l'empereur occupe un rang aussi élevé que le pape, qu'il tient son mandat de ses électeurs et qu'il n'a nul besoin de l'approbation pontificale pour remplir sa mission ; enfin, il soutient qu'un vrai concile représentant l'Église universelle est supérieur aux assemblées que le pape peut faire ou défaire à son gré107. Évidemment les princes-électeurs soutiennent ce texte qui accroît leur pouvoir électif puisqu'il n'est plus soumis à approbation papale et le 16 juillet, réunis à Rhense ils accomplissent un geste d'une portée considérable : pour la première fois, ils agissent en corps, non pas pour élire ou déposer un souverain, mais pour préserver les intérêts de l'Empire, dont ils se considèrent les représentants105.
